For å bestemme dens nytte ved påvisning av HCC, vurderte vi HCCscreen-analysen hos individer som har en kjent diagnose av HCC eller har blitt ekskludert (ikke-HCC). Vi innhentet 65 HCC-saker og 70 ikke-HCC-saker fra AFP/US-positive/mistenkte individer. Denne HCC-positive eller HCC-negative statusen var basert på dynamisk CT/MR-avbildning og histologisk bekreftelse.

Disse 135 tilfellene ble brukt som treningskohort, og HCCscreen-resultatene ble sammenlignet med den kliniske diagnosen. For å bygge en klassifikator som integrerer forskjellige typer biomarkører i analysen, kollapset vi først de forskjellige typene cfDNA-mutasjoner til en region av interesse (ROI) poengsum for hvert gen eller lokus (se Metoder). ROI-poengsummen var en vektet sum av de skadelige effektene og frekvensen for hver punktmutasjon innenfor en ROI.