Kako bismo odredili njegovu korisnost u otkrivanju HCC-a, procijenili smo HCCscreen test kod pojedinaca koji imaju poznatu dijagnozu HCC-a ili su bili isključeni (ne-HCC). Dobili smo 65 HCC slučajeva i 70 ne-HCC slučajeva od AFP/US-pozitivnih/sumnjivih osoba. Ovaj HCC-pozitivan ili HCC-negativan status temeljio se na dinamičkoj CT/MRI slici i histološkoj potvrdi.

Ovih 135 slučajeva korišteno je kao skupina za obuku, a rezultati HCC-projekta uspoređeni su s kliničkom dijagnozom. Kako bismo izradili klasifikator koji integrira različite vrste biomarkera u testu, prvo smo saželi različite vrste mutacija cfDNA u rezultat regije od interesa (ROI) za svaki gen ili lokus (vidi Metode). Rezultat ROI-ja bio je ponderirani zbroj štetnih učinaka i učestalosti za svaku točkastu mutaciju unutar ROI-a.