HCCの検出におけるその有用性を判断するために、HCCの既知の診断を受けている、または除外されている個人（非HCC）のHCCScreenアッセイを評価しました。 AFP/US陽性/疑わしい個人から65のHCC症例と70の非HCC症例を取得しました。このHCC陽性またはHCC陰性状態は、動的なCT/MRIイメージングと組織学的確認に基づいていました。

これらの135症例はトレーニングコホートとして使用され、HCCScreenの結果を臨床診断と比較しました。アッセイにさまざまなタイプのバイオマーカーを統合する分類器を構築するために、最初にさまざまなタイプのCfDNA変異を各遺伝子または遺伝子座の関心領域（ROI）スコアに崩壊させました（方法を参照）。 ROIスコアは、ROI内の各点突然変異の損傷効果と頻度の加重合計でした。