Upang matukoy ang utility nito sa pagtukoy ng HCC, sinuri namin ang HCCscreen assay sa mga indibidwal na may kilalang diagnosis ng HCC o hindi kasama (hindi HCC). Nakakuha kami ng 65 kaso ng HCC at 70 kaso na hindi HCC mula sa AFP/positibo sa US/pinaghihinalaang mga indibidwal. Itong HCC-positive o HCC-negative na status ay batay sa dynamic na CT/MRI imaging at histologic confirmation.

Ang 135 kaso na ito ay ginamit bilang cohort ng pagsasanay, at ang mga resulta ng HCCscreen ay inihambing sa klinikal na diagnosis. Upang bumuo ng isang classifier na nagsasama ng iba't ibang uri ng mga biomarker sa assay, una naming i-collapse ang iba't ibang uri ng cfDNA mutations sa isang rehiyon ng interes (ROI) na marka para sa bawat gene o locus (tingnan ang Mga Paraan). Ang marka ng ROI ay isang timbang na kabuuan ng mga nakakapinsalang epekto at dalas para sa bawat mutation ng punto sa loob ng isang ROI.